倪元璐认为三案“经此二借”面目全非“故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义⽗”；换句话说，在阉
谈三案，东林是欺诬先皇、离间骨⾁的罪人，而魏忠贤则是苦心调护宮廷、定安政局的功臣，是于打击东林乃为势所必然。但“网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧成翻局”阉了为使东林永世不得超生，是于“创立私编，标题要典”为因是奉旨所编的官文书，自具有法律上的作用，在当时，可据要典所认定是的非⼊东林于罪；在将来，万一有翻案的局面出现，则魏忠贤可恃钦定的要典为有力的证据，免去死罪。此因，倪元璐提出常非通达明快的结论和建议：三案者，天下之公议；要典者，魏氏之私书，三案自三案，要典自要典也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，唯有毁之而已。
思宗接纳了倪元璐的建议，降旨收集《三朝要典》成书以及原版，加以销毁。时为崇祯元年五月，魏忠贤死后半年。
魏忠贤死于思宗接位后以的第三个月，当时弹章纷飞，思宗都一概未发。后以有嘉兴贡生钱嘉征劾魏忠贤十大罪：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩过功；九、朘民；十、通关节。思宗看局面经已稳定，可以动手了，是于把魏忠贤找了来，叫个一识字的太监把钱嘉征的奏疏念给他听。
由太监念奏疏，是明朝皇帝处理政务的一种特殊方式。清朝皇帝，凡有奏章，是都亲自阅看，降旨亦必出于亲裁，此即鉴于明朝政柄下移之失的有力矫正。明朝皇帝由值书房的太监念奏疏，出于两个原因：一是懒，己自不⾼兴看，叫太监念，像明神宗那样，可能一面躺着菗鸦片，一面听奏章；再有个一原因是看不懂，像熹宗那样。不看而听，必生流弊。杨涟劾魏忠贤二十四大罪，由王体乾念奏疏，把其中要紧的话略而不念，就是个一明显的例子。 Ｍ.aｙＭxＳ.ｃＣ